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一、物流企業應設置專門的稅務管理部門，強化稅務管理意識和管理力度

由于計劃體制等歷史原因，我國企業長期以來不重視稅收管理，許多物流企業的前身都是國有企業，對于稅收管理工作的重視程度遠遠不夠，目前物流企業大部分的稅收管理工作都由財務部門代為執行，而我國當前的稅收體系越來越復雜，稅收征管日趨嚴格，為此物流企業應設置專門的稅收管理部門，規模較大的企業應設置稅收總監，并配備專業素質和業務水平高的管理人員。

二、加強物流企業日常稅務管理工作，減少不必要的損失和支出

物流企業應首先做好日常稅務管理工作，包括及時辦理稅務登記，正確計算稅款，按期進行納稅申報并及時足額繳納稅款，嚴格管理發票以及其他涉稅憑證，及時正確地進行稅務會計核算，接受稅收檢查等常規性的涉稅活動。

日常稅務管理是企業稅務管理的基礎，是企業開展經營活動的前提，是企業獲取納稅管理基礎信息的來源，做好日常稅務管理，可以使企業的各項涉稅行為規范合法，避免罰款和滯納金，以及大額補稅給企業現金流造成的不利影響，從而減少不必要的支出和損失。

三、合理有效地利用稅收優惠政策，降低企業稅收成本

從2005年以來，我國為鼓勵物流業的發展出臺了一系列的稅收優惠政策。例如，國家稅務總局于2005年12月29日下發的《國家稅務總局關于試點物流企業有關稅收政策問題的通知》（國稅發[2005]208號），該文件允許試點物流企業在運輸和倉儲兩個服務環節的營業稅計征基數，扣除外包業務的營業額，按差額計征營業稅。這項政策的出臺對于物流企業消除重復納稅有重大意義。因此凡是在試點名單里的物流企業，應在會計核算時取得并妥善保管合法的相關抵扣憑證，以能充分享受這項優惠政策。

四、積極規避和防范稅收風險

為防范稅收風險，物流企業稅務管理部門首先應加大對物流企業適用的稅收政策和宏觀經濟的研究力度，防范稅收政策變動給企業帶來的風險；其次，在進行納稅時保持謹慎，充分用好稅收優惠政策，嚴格控制納稅風險；最后，要建立良好的稅企溝通渠道，特別是在企業發生重大經濟事項時，如企業并購、對外投資、資產處置等，都應主動向稅務機關咨詢相關的稅收法規，聽取來自稅務機關的建議，以保證企業依法誠信納稅，維護合法權益。